در فقه امامیه دو مکتب بود: اصولی که اجتهاد و مرجع تقلید را در عصر غیبت واجب می‌دانست و به عقل و اجماع تکیه می‌کرد، و اخباری که فقط قرآن و حدیث را حجت می‌شمرد و حق استدلال مستقل فقیه را انکار می‌کرد. اخباری در ظاهر سخت‌گیرانه‌تر بود، اما چون سلسله اجازه اجتهاد نداشت، سازمانش سست ماند. پس از سقوط اصفهان، نادر لشکرکشی کرد و زند جز فارس را درست نگرفت. در این خلأ، تنها شرع تا حدی نظم شهر را نگاه داشت. علمای صفوی از دربار حقوق می‌گرفتند. وقتی دربار فروپاشید، اصولیان با مرجعیت، سهم امام و تولیت وقف قدرت موازی ساختند. اجتهاد موروثی شد. سید محمدباقر شفتی در اصفهان هم مرجع بود و هم از توانگرترین مردان ایران؛ پس از او پسرش دستگاه را به ارث برد.

مکتب شیخی را شیخ احمد احسائی، زاده احسا نزدیک بحرین، گشود. او از خاندان آخوند نبود، عمرش را در سفر گذراند و گرایش نیمه‌عرفانی داشت، بی‌آنکه درویش نعمت‌اللهی یا نقشبندی باشد. اصولیان و شیخیان در برابر حلقه‌های صوفی غالباً یک جبهه بودند. احسائی برای انسان دو جسم قائل شد و معاد را به کالبدی جز بدن عنصری برد. نظریه رکن رابع واسطه‌ای زنده میان شیعه و امام غایب می‌خواست. برخلاف مجتهد اصولی که خود را نایب عام می‌دانست نه همسخن امام، احسائی بر پیوند شهودی پای فشرد. در جوانی خواب دید که امام عصر و سپس هر دوازده امام به او اجازه اجتهاد دادند. با این خواب اعتبار اجازه غیرمعصوم را سست کرد.

احسائی در عهد فتحعلی‌شاه میان یزد، اصفهان، مشهد و کرمانشاه می‌گشت. شاه او را به تهران خواند و مستمری پیشنهاد کرد؛ نپذیرفت. زندگی بی‌دم‌ودستگاه وجهه تقدس میان مردم ساخت. جدال با ملا محمدتقی برغانی، مرجع قزوین، به تکفیر انجامید و فرقه شیخی از بدنه اصولی جدا شد. احسائی سید کاظم رشتی را جانشین کرد. رشتی در کربلا حوزه گشود و شیخیه از فکر یک عالم به حلقه شاگرد بدل شد. نخستین گروندگان باب همه از درس رشتی بودند.

سید علی‌محمد شیرازی به سال ۱۱۹۸ خورشیدی در خانواده تاجر زاده شد، در بوشهر تجارت کرد، کمتر از یک سال در کربلا پای درس رشتی نشست و به اصرار دایی به شیراز بازگشت. در ۱۲۲۲ خورشیدی رشتی در پنجاه‌سالگی مرد و جانشین نگذاشت. حاج محمدکریم‌خان کرمانی در کرمان دعوی جانشینی کرد. بیشتر شاگردان سرگردان ماندند. مرگ استاد را برخی نشانه نزدیک ظهور گرفتند. همین خلأ بستر دیدار ملاحسین بشرویه با سید علی‌محمد شد.

شیخیان اصولی را بالاسری می‌خواندند، چون در حرم حسین صف نماز را از بالای ضریح می‌بستند و شیخی از پشت سر. کنایه از غرور صنفی بود. مسیر علم در ایران همان مدارس عتبات بود. کلید اجتهاد در دست طبقه موروثی ماند. شیخیه واکنش به این انحصار بود. اگر شیخیه نمی‌بود، دعوت باب در حد یک مدعی فراموش‌شده می‌ماند. حروف حی، قدوس، طاهره و بسطامی بودند که دعوت را جنبش کردند.

گلستان و ترکمانچای دارالاسلام را در برابر دارالحرب شکست‌خورده گذاشت، در حالی که واژگان استعمار هنوز در ذهن ایرانی ننشسته بود. انتظار «نصر من الله و فتحاً غریب» به هم ریخت. تجددخواهی فرنگ‌رفته یک نسل بعد آمد. ارتجاع سلفی در همسایگی وهابیت همروزگار شیخیه بود. واکنش سوم شیعی تجدید بود نه تجدد: شکست را نشانه ظهور قائم خواندند تا نه در مسلمانی خود شک کنند و نه در اسلام. بابیه در این فضای آخرالزمانی میان طبقات باسواد خریدار یافت.

در سال‌های محمدشاه بازرگانی ایران فرو ریخت. پارچه منچستر کارگاه کاشان را کشت. روسیه بر ابریشم شمال سد گمرکی گذاشت و عریضه تجار به دربار بی‌جواب ماند. مسئله بی‌کفایتی یک وزیر نبود؛ دولت هنوز خود را نگهبان سود بازرگان نمی‌دانست. تاجر ورشکسته نارضایتی را به زبان ظهور امام برد، چون زبان حقوق و گمرک حمایتی نداشت. بابیه از اعتراض دینی به انقلاب سیاسی لغزید و دیر یا زود در برابر مسئله مدرن با سلاح سنتی فرو می‌ریخت. شکست آن راه را بر مشروطه گشود که علاج را از غرب گرفت.