دفتر تنظیمات یا کتابچه غیبی نخستین اثر نظری ملکم است، حدود پانزده سال پیش از رساله مدنیه. حکومت را سلطنت موروثی یا جمهوری نوبتی خواند. حکم مبنی بر صلاح عامه را قانون نامید. حکومت را مرکب از اختیار وضع قانون و اختیار اجرا دانست. اگر هر دو در دست شاه باشد سلطنت مطلق است چون روس و عثمانی؛ اگر اجرا با شاه و وضع با ملت باشد سلطنت معتدل است چون انگلیس و فرانسه. واژه مشروطه هنوز از عثمانی به فارسی نیامده بود. گفت اوضاع معتدل به ایران نمی‌خورد. مطلق منظم آن است که شاه هر دو اختیار را دارد اما مخلوط استعمال نمی‌کند.

شوراى هشت وزارتخانه تا وقتی حد دخالت هر وزیر روشن نباشد بی‌فایده است. دستور نظم چاپارخانه هم به داخله می‌خورد هم به مالیه. چاره ملکم ارگان موازی «دستگاه تنظیمات» بود: قوه مقننه بدون مشروطه.

«اگر دستگاه تنظیمات نکات نظم چاپارخانه را فقره به فقره مشخص نماند و شروط نظم این عمل را به حکم پادشاهی برعهده مجلسِ اجرا گذارند، آن وقت هر وزیری که این عمل به او تعلق دارد یا باید حکم پادشاه را موافق شروط دستگاه تنظیمات نقطه به نقطه مُجرا بدارد یا این که از منصب وزارت استعفا کند.»

نیمه دوم کتاب فهرست قوانین است از ساختار سلطنت تا شمار سرباز. قانون دهم «بر احیای ایران»:

«جزای خائن دولت قتل است.»

«هر وزیری که در امور حکومت خلاف قانون نماید خائن دولت است.»

قانون یازدهم مجلس تنظیمات را مکلف می‌کند در یک سال همه احکام شرعی و دولتی ملک‌داری را قانون کند، کمبودها را بنویسد و کل را در پنج قانون‌نامه بگنجاند. محافظه‌کاری نظری با پیش‌نویس یک‌ساله همخوان نیست. ملکم مدارس تربیه و فضلیه و عالیه را نیز بر الگوی سه‌گانه فرانسه نوشت.

مدرک مستقیم پیوند مصلحت‌خانه با کتاب ملکم در دست نیست، اما همزمانی بعید است تصادف باشد. آبان ۱۲۳۸ کتابچه قواعد مجلس مصلحت‌خانه درآمد. حق دخالت در پولیتیک، یعنی سیاست خارجی، نداشت و در تجارت و زراعت و دخل‌وخرج نظر می‌داد. بیست‌وپنج عضو را شاه برمی‌گزید. قانون‌گذاری چاکرانه بود: اگر شاه پسندید امر می‌شد. صورت‌جلسه‌ای نماند. حدود دو سال بعد مجلس رها شد.

ملکم چارچوب سلطنت مطلق را نگه می‌داشت و همزمان همه قوانین را از پیش می‌دوخت. این مخمصه روشنفکر ایرانی بود: هدف حداکثری با تغییر ساختاری اندک. دفتر تنظیمات با این همه نخستین صورت‌بندی تفکیک اختیار وضع و اجرا در فارسی ماند.